El texto base recomendado es autosuficiente, ya que se han seleccionado las reacciones más significativas facilitando al estudiante los conocimientos básicos para que en un futuro pueda abordar cualquier reacción orgánica. Este texto es el mismo que el recomendado para la asignatura "Química Orgánica I" del primer semestre, pero ahora los contenidos del Programa abarcan los Temas del 13 al 23 de dicho texto base. Por otro lado, el Tema 6 se encuentra a disposición del estudiante en el curso virtual.
Todos los Temas constan de: un sumario, los objetivos que se pretenden conseguir; el desarrollo del propio Tema; el resumen de los conceptos más importantes, y, por último, los ejercicios de autocomprobación junto con su solución, con el fin de que el estudiante pueda autoevaluarse al finalizar el estudio de cada Tema.