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La investigación de Rafael Juáre está relacionada con el análisis nuclear para el diseño y la seguridad del reactor ITER. Se trata del desarrollo de métodos novedosos y la aplicación de herramientas computacionales punteras para abordar aspectos del diseño de la instalación relacionados con la radiacion y que son desconocidos o requieren optimización.
Ha participado en más de 20 proyectos de investigación internacionales
Ha sido investigador principal de más de 10 proyectos de investigación internacionales
Ha participado como investigador o como investigador principal en más de 5 contratos de transferencia con empresas o instituciones públicas
Ha publicado más de 30 artículos en revistas de impacto del Q1 de sus respectivas categorías del JCR