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La docencia de Rafael Juárez tiene lugar en el marco de los títulos ofertados por la ETSI Industriales de la UNED. Coordina o pertenezco a diversas asignaturas de grado y máster.
El listado de asignaturas en las que participa está detallado de modo actualizado en la sección de personal docente de las páginas web de la Escuela.
Ha sido director de dos tesis doctorales, y actualmente dirge tres tesis que están en desarrollo; todas tratan sobre análisis nucler para el diseño y la seguridad radiológica del reactor ITER.