La evaluación institucional ha constituido otra de las competencias del IUED a través de la Unidad Técnica de Evaluación Institucional (UTEVI) hasta la creación del Vicerrectorado de Evaluación y Calidad en el curso 2003-2004.
En la actualidad, es la Unidad Técnica de MADI del IUED quien se responsabiliza del proceso de evaluación institucional del material didáctico. El IUED, actualmente, pertenece al Vicerrectorado de Digitalización e Innovación.
La labor realizada hasta entonces por el IUED, en este campo, se formalizó en la evaluación de diversas titulaciones de la UNED en el marco del I.er Programa de Calidad de las Universidades. El Instituto colaboró con los Comités de Autoevaluación y participó en la elaboración de los informes de diversas titulaciones de la UNED, siendo los más recientes los correspondientes a las titulaciones de:
- Ciencias Políticas y Sociología
- Ingeniería Técnica en Informática de Sistemas
- Ingeniería Técnica en Informática de Gestión
En el marco del Plan de Evaluación Institucional de la ANECA inició la recopilación de datos para las titulaciones de:
- Administración y Dirección de Empresas
- Economía
En la actualidad, el IUED continúa responsabilizándose de la evaluación metodológica de los materiales didácticos de la UNED, participando activamente en el desarrollo de diversos protocolos de evaluación de la calidad de la metodología propia de la UNED.