En junio de 1994 fue elegido rector de la USC, reelegido en mayo de 1998. Durante estos años desempeñó una de las Vicepresidencias de la Conferencia de Rectores de Universidades Españolas (CRUE) y la presidencia de la Red de Bibliotecas Universitarias (REBIUN). Formó parte del Consejo de Administración del Portal Universia S. A. y creó UNIRISCO GALICIA S. C. R., primera sociedad de capital riesgo para financiar proyectos basados en la transferencia de conocimiento de la universidad a la empresa.

En la actualidad es miembro del patronato y director del consejo científico de la Fundación Biblioteca Virtual Miguel de Cervantes. Forma parte de la junta directiva del Capítulo Español del Club de Roma y desempeña la dirección literaria de la colección de Clásicos de la Fundación José Antonio de Castro.

Ha sido profesor visitante o conferenciante en Universidades de Alemania, Argentina, Australia, Bélgica, Canadá, Costa Rica, China, Corea, Cuba, Ecuador, Egipto, Estados Unidos, Francia, Holanda, Honduras, Irlanda, Italia, Japón, Luxemburgo, México, Nicaragua, Panamá, Perú, Portugal, Puerto Rico, Reino Unido, República Dominicana, Rusia, Sudáfrica, Suecia, Suiza y Taiwán, y ha publicado, en español e inglés, más tres centenares de artículos de teoría, crítica y literatura comparada en revistas españolas y extranjeras.

Es presidente de honor de la Sociedad Española de Literatura General y Comparada y presidió la Asociación Española de Teoría de la Literatura. Pertenece a la Asociación Internacional de Hispanistas, la Asociación Española de Semiótica, la Twentieth Century Spanish Association of America y la International Association of Comparative Literature, en la que fue miembro de su Junta Ejecutiva.

Entre sus libros se cuentan Trayectoria de la novela hispanoamericana actual, escrito en colaboración con J. M. Viña Liste y traducido al árabe por el Consejo Superior de Cultura de Egipto (1998) y Teorías del realismo literario, finalista del Premio Nacional de Ensayo en 1993, cuya traducción al inglés data de 1997.

Sus últimos libros se titulan Valle-Inclán, novelista del Modernismo (2005), Da palabra no tempo. Estudos e ensaios de literatura (2007), escrito en lengua gallega, La poética de la lectura en Quevedo (2007) y Las fábulas mentirosas. Lectura, realidad, ficción, publicado en México (segunda edición, 2011).

En diciembre de 2014 la editorial Routledge (Londres/ Nueva York) publicó Introducing Comparative Literature. New Trends and Applications, obra de la que Darío Villanueva es coautor junto a César Domínguez y Haun Saussy, traducida al español en 2016 con el título Lo que Borges enseñó a Cervantes. Introducción a la Literatura comparada y también al árabe en 2017. A principios de 2015 apareció una nueva edición ampliada de Imágenes de la ciudad. Poesía y cine, de Whitman a Lorca, que recibió el Primer premio internacional de investigación humanística de la Sociedad Menéndez Pelayo, y en mayo de 2018 se publicó en francés su libro Les galaxies de la Rhétorique. Les puissants satellites du littéraire.

Madrid, 23 enero de 2020