La metodología utilizada es activa y pretende ser motivadora para el estudiante, a la vez que le exige que se implique de una manera activa en su propio aprendizaje. Tanto esta Guía Didáctica como los materiales didácticos, lecturas, los contenidos del curso virtual y los foros de discusión contribuirán a ello y cumplirán las siguientes funciones:
 
Atraer la atención y motivar  a los estudiantes, tanto desde el punto de vista del formato como desde el del contenido, lo que incluye cuestiones tales como planteamiento de objetivos que motiven, división del material en partes convenientes, empleo de ejemplos interesantes.
 
Informar de los resultados que se esperan u objetivos de la instrucción, objetivos del programa y de cada capítulo, formulados de forma sencilla, presentación de tareas a realizar por los estudiantes que ejemplifiquen esos objetivos.
 
Relacionar los nuevos conocimientos con los conocimientos anteriores, lo que implica la recuperación de aquellos conocimientos que sirven de base a los nuevos aprendizajes. Ello puede llevarse a cabo a través de la revisión de los conceptos relevantes necesarios para la comprensión de los contenidos del curso.
 
La presentación del material, se caracteriza por la claridad, lógica, orden, continuidad y consistencia en la presentación.
 
Dirigir y guiar al alumno en los aprendizajes a través de textos introductorios que ayuden a estructurar el material, ejercicios que puedan ayudar a organizar los contenidos, anticipar la preguntas que puedan suscitarse al llevar a cabo el estudio.
 
Fomentar la participación activa de los alumnos a través de ejercicios y tareas para ser entregadas. Referencias a lecturas y otros materiales suplementarios de ayuda. Planteamiento de tareas para ser llevadas a cabo en grupo.
 
Suministrar retroalimentación de forma que se facilite el repaso dentro del propio material de estudio. Para ello conviene incluir ejercicios de auto-evaluación  acompañados de soluciones y explicaciones.
 
Promover la transferencia de los conocimientos. Para ello se proponen estrategias tales como proponer ejemplos distintos para el mismo concepto,  hacer referencias al material anterior o posterior, establecer vínculos con otros contenidos del curso.
 
Facilitar la retención de los contenidos aprendidos, fomentando las revisiones de los materiales en determinadas etapas del curso.
 
 
 La metodología aplicada va dirigida a desarrollar en el estudiante la capacidad de análisis y síntesis, lectura crítica de trabajos experimentales sobre imágenes cerebrales y sus relaciones con los procesos cognitivos. Entre los objetivos a alcanzar están que el estudiante aprenda a exponer resultados y trabajos en público. La metodología se dirigirá a lograr que al final de la asignatura el estudiante sea capaz de demostrar los aprendizajes realizados mediante el planteamiento de un proyecto de investigación sobre cualquiera de los procesos estudiados en el que se combine el registro de imágenes cerebrales con medidas conductuales. El proyecto irá dirigido a poner a prueba una hipótesis.